С момента образования музей вёл активную собирательскую деятельность. Первый фонд – этнографический (ныне историко–бытовой) – создавался на основе приобретённых, а большей частью подаренных жителями окрестных деревень предметов быта. Но основными в собрании музея стали фонд археологии и фонд фресок и строительных материалов.  Высокая степень сохранности культурного слоя VIII – XI вв. на Земляном городище делает его неоценимым источником знаний о жизни ладожского поселения этого периода. В толще грунта на протяжении многих столетий сохраняются предметы из кожи, дерева, бересты, кости. Коллекции археологических находок представляют уникальный материал, позволяющий проследить историю возникновения и развития города, международных торговых операций. С середины 1970-х годов материалы археологических раскопок поступают в фонд музея-заповедника.

Позднее были сформированы фонды живописи и церковной утвари, нумизматики, фото и документов, редкой книги. На сегодняшний день  фонды музея насчитывают более 140 тысяч единиц хранения.

Познакомиться с коллекциями можно на портале Госкаталог РФ https://goskatalog.ru/portal/#/museums?id=621