Формирование коллекции редкой книги началось в 1980-х годах, когда в фонд музея поступили книги, собранные в ходе этнографических экспедиций сотрудников музея. В последующие годы коллекция пополнялась и в настоящее время включает печатные и рукописные издания XVII-XX веков: старопечатные и рукописные богослужебные книги; издания старообрядческих типографий; книги XIX-XX веков, имеющие музейную ценность; периодические издания конца XIX – первой четверти ХХ века.

Самое раннее издание коллекции – богослужебная книга «Октоих», выпущенная в 1618 году печатниками Никитой Фофановым и Петром Федыгиным. Книга имеет вкладную надпись 1619 года дьяка Ивана Ивановича Болотникова в церковь Покрова и Василия Великого в селе Березник Вологодского уезда. 

В коллекции представлено несколько переизданий книг первой половины XVII века, отпечатанных в XVIII-XIX веках по заказу старообрядческих общин, а также старообрядческие рукописные сборники.

В составе коллекции – научные и справочные издания, художественная и учебная литература XIX-XX веков.