В период Смутного времени не обошла беда и Успен­ский монастырь. В царской грамоте 1621 г. новгородско­му воеводе князю Мезецкому сообщается, что «в про­шлом 125 (1617) году, как нам немецкие люди Великий Новгород с пригороды отдали (по Столбовскому миру -А.К.) а они-де (монастырские сестры - А.К.) от немец­кого разоренья скиталися меж двор и кормилися христо­вым именем, и по нашему указу велели им в тот (Успен­ский - А.К.) монастырь прибегати и монастырь строити и сестер сбирати и вотчинкою владеть по прежнему. И она-де старица Акилина (настоятельница - А.К.) камен­ный храм покрыла и Божья милосердия образы и книги и всякое церковное и монастырское строение устроила со­брав вклады и сестер, и собрала в тот монастырь 23 ста­рицы». Для сравнения отметим, что в конце XIX в. в мо­настыре находилось около 200 монахинь.

В XVII в. обитель была избрана для заточения (с 1718 по 1725 г.) бывшей царицы Евдокии Федоровны Лопухиной, первой жены Петра I. В монастыре был раз­мещен военный караул, запрещался вход прихожанам, было приостановлено пострижение новых послушниц.
От внешнего мира святую обитель, ставшую тюрьмой для отвергнутой, ограждал двойной тесовый палисад.Главная достопримечательность монастыря - Ус­пенский собор. Время его сооружения установлено не­давно в ходе реставрационных работ (руководитель и автор проекта И.Л. Воинова). На одной из подпружных арок был обнаружен прорезанный по раствору гераль­дический знак Рюриковичей, принадлежавший, как уда­лось выяснить, князю Ростиславу Мстиславовичу, кня­жившему в Новгороде в 1154 и в 1157 гг. (в 1158 г. «на столе» в Новгороде остался его сын Святослав). В это время, то есть в 1157-1158 гг., очевидно, и строили цер­ковь2'. Судя по тому, что знак встречен в единственном числе, и сам князь, согласно летописям, ни в Новгоро­де, ни в Ладоге ничего не строил, заказчиками могли быть посадник и посадские люди. Косвенно это под­тверждается тем, что Успенская церковь строилась, возможно, как приходская, а не монастырская. В каче­стве монастырской она упоминается впервые в доку­менте около 1500 г., и тогда рассматривалась как центр Богородицкого конца.

Успенский собор полностью сохранился. В 1958-1960 гг. он был освобожден от более поздних при­строек, при этом выявилось строгое членение его фаса­дов плоскими лопатками, что соответствует его кресто-во-купольной конструкции. Понятие о размерах собора дают следующие цифры: длина около 18 м, ши­рина - около 14 м, высота более 19 м. Вместить он мог не один десяток людей. Здание было четырехстолпным, трехнефным, одноглавым, трехапсидным; барабан увенчивался куполом со шлемовидной главой. Два из трех его входов имели притворы, а с запада в более по­зднее время была устроена паперть. В толще западной стены помещалась лестница на хоры. Стены собора бы­ли расписаны. Архитектурные особенности Успенской церкви роднят ее с Георгиевской и другими церквями, построенными в Ладоге в середине XII в. Георгиевский и Успенский храмы - редчайшие сохранившиеся на се­веро-западе России культовые сооружения XII в.

Полагают, что Успенский собор - сооружение этапное. Он был первым воплотившим в себе архитек­турные особенности нового типа приходского храма. Последующие церкви, воздвигавшиеся в Ладоге, ему подражали.